Peixonauta, Marina e Zico saem do Parque em busca do Dr. Jardim e dos primos Pedro e Juca, mas ao chegarem à cidade grande encontram tudo vazio. Após investigarem melhor, percebem que as pessoas não sumiram, mas sim encolheram. Intrigados e correndo contra o tempo, Peixonauta e seus amigos precisam desvendar a causa do fenômeno e salvar a população do desaparecimento completo.